盡管土壤淋洗技術(shù)具有長效性、易操作性和高滲透性等優(yōu)點(diǎn)，但是也存在2個主要缺點(diǎn): 一是淋洗法需要消耗大量的水來配制淋洗液；二是大量淋出液需要處理。淋出液中富含重金屬與淋洗劑的絡(luò)合物，如果沒有得到妥善處理，會對地下水存在污染風(fēng)險(xiǎn)。
 
淋出液常用的處理措施有轉(zhuǎn)移絡(luò)合、離子交換和電化學(xué)法。往Phb-EDTA淋出液中添加硫酸鐵，并且降低pH值，使鐵離子(Fe2x )置換出鉛離子(Pb4)而使Pb形成硫酸鉛沉淀，然后提高pH值分離出Fe+, EDTA 同時又能循環(huán)使用，降低成本。通過添加硫化鈉而與重金屬形成難溶性硫化物沉淀。添加硫化鈉分離EDTA淋出液中的鎘、銅和鉛，添加氫氧化鈣分離鋅，回收率高達(dá)99%。
 
此外，在場地土壤淋洗修復(fù)過程中使用的淋洗劑和修復(fù)后殘留于土壤中的淋洗劑也會對土壤環(huán)境生態(tài)系統(tǒng)造成潛在的風(fēng)險(xiǎn)。無機(jī)酸會直接導(dǎo)致土壤的酸化，并且無法回收循環(huán)使用；人工螯合劑中EDTA使用最為廣泛，但是對于植物來說，EDTA本身對其具有一定的毒害作用，并且生物降解性差，殘留在土壤中容易造成二次污染。有研究表明EDTA在施用很長一段時間后，甚至收獲植物后仍然起作用，會引起重金屬離子的下滲，污染地下水。并且，EDTA對重金屬元素的絡(luò)合作用具有非專--性，在淋洗重金屬的同時，也會將植物所必須的鈣和鎂等營養(yǎng)元素淋出，使土壤養(yǎng)分淋失量增加，從而造成營養(yǎng)元素的缺失，土壤肥力的下降。